唐憲宗元和年間，裴潾任左補闕。在討伐淮西藩鎮吳元濟的戰爭時期，朝廷任用了一批宦官到沿線驛站做館驛使。這批宦官到任之后，卻依仗皇帝威勢橫行不法，時常刁難欺凌四方使者，于戰爭形勢極為不利。為此，裴潾向唐憲宗上疏諫止。裴潾的奏疏，完全不顧忌當時宦官跋扈的氣焰，毫無一般朝臣邀時取媚的心理，從國家根本利益出發，錚錚直言。唐憲宗雖然沒有采納他的意見，卻也心有所動，認為他忠心可嘉，于是超遷他為起居舍人。

唐憲宗晚年，癡心于長生不老，對方士、丹劑十分迷信。宰相皇甫镈和金吾將軍李道古等人逢迎獻媚，積極推薦方士柳泌、僧人大通等為唐憲宗煉制金丹。消息傳到外廷，裴潾立即挺身反對。他向唐憲宗痛陳利害，無奈唐憲宗這時已經聽不進去任何不同意見，裴潾的“事上盡心”非但沒有受到獎賞，反而招至“上怒”。不久，就被貶出朝廷，到偏遠的湖北去做江陵令了。第二年春，唐憲宗終于“以藥誤不壽”，時人皆“以磷為知言”。一時的變故，反使裴潾“以道義自處”的品德為世人敬重。

唐穆宗繼位之后，誅死了柳泌諸人，調裴潾為兵部員外郎，又遷刑部郎中。當時有一個做前率府倉曹（東宮衛隊軍官)的人名叫曲元衡，杖殺了平民柏公成的母親。案件審判結果：1，“公成母死在辜外，元衡父任軍使，使以父蔭征銅”；2，“柏公成私受元衡資貨，母死不聞官府”，“以經恩免罪”。刑部郎中戢“掌律法，按復大理及天下奏讞。”裴潾在審核這個案件時，發現法官的判決極其不合法度。他分析說：“典刑者，公柄也。在官者得施于部屬之內，若非在官，又非部屬，雖有私罪，必告于官。官為之理，以明不得擅行鞭捶于齊人也。且元衡身非在官，公成母非部屬，而擅憑威力，橫此殘虐，豈合于常典?柏公成取貨于仇，利母之死，悖逆天性，犯則必誅。”裴潾議論的出發點，在于維護法治，嚴禁權貴仗勢對平民施以私刑、以及他們違法之后又憑借特權和錢財私下了結，逃避罪責，因而受到公眾很高的贊譽。由于裴潾的堅持，曲元衡終于被脊杖60，處以流刑，柏公成也被處以死刑。

唐敬宗寶歷初年，裴潾曾任給事中，文宗大和四年(830年)調任汝州(河南省臨汝縣)刺史，兼御史中丞，后來因為違法杖死人命，被貶為左庶子，在東都洛陽任職，大和七年（833年)升任左散騎常侍，充任集賢殿學士。這期間，裴潾曾收集歷代文章，續后梁昭明太子的《文選》，編成30卷《大和通選》，附音義與目錄l卷，一并上獻給唐文宗。不過，裴潾在編選這部文集時，對當時文士，幾乎素與己少有交住者的文章都很少選入，因而受到大家的非議。這部文選也不為時人所看重。

裴潾后來曾任刑部侍郎、華州刺史、河南尹等宮，卒后贈戶部尚書，謚曰“敬”。