貝瓊曾祖貝珪，宋理宗時由蘇州徙崇德（今浙江桐鄉），筑室語兒溪上，遂為史山。史山即殳山（今屬浙江海寧雙山鄉）。貝瓊約生于元成宗大德初，卒于明太祖洪武十二年，年八十余歲。少年時即穎悟，性坦率，不修邊幅而篤志好學，博通經史百家。師事同鄉黃次山、會稽楊維楨。元末世亂，隱居教授，往來于華亭（今江蘇松江）、海昌（今浙江海寧）間，生徒云集。又曾主教幽湖（今桐鄉濮院）朱顯道家。48歲時始領鄉薦，游京師，作《真真曲》，由此知名。時張士誠據平江（今蘇州市），貝瓊隱居殳山，累征不就。

明洪武三年(1370)，舉明經，召修《元史》。同官李敏卿等稱其敘事直而不徇。史成，受賜歸鄉。洪武五年，奉命出任浙江鄉試官。次年，任國子助教，后改作中都國子監，教授勛臣子弟。與張美和、聶鉉齊名，時稱“成均三助”。曾嘆古樂衰廢，堂堂成均（官設學校），徒具其名，作《大韶賦》以寄感慨。在史館，與金華宋景濂相友善，凡有著作，常互相推讓。及景濂為司業，建議祀伏羲、神農、黃帝、堯、舜、禹、湯、文、武于天子之學。太祖拒不采用，而當時猶有贊同者，瓊乃作《釋奠》以解辯之，贏得識者之贊賞。其堅持正道，大多類此。洪武十一年，致仕歸。翌年，卒于家，葬于語兒鄉。

貝瓊有子5人，大多有文名。次子貝翱字秀翔，能詩，著有《平淡集》。