黃淳耀生于萬歷三十三年（1605年），3歲讀千字文，5歲讀四書五經，14歲縣試名列前茅，17歲補博學弟子，人稱“黃家千里駒”。由于詩文出眾，受到“嘉定四先生”中程嘉燧的欣賞，并推薦給常熟大詩人錢謙益家執教蒙館。黃淳耀十分痛恨華而不實的八股文，與門人陸元輔組織“直言社”，倡導經世之用、言之有物的文章，名重一時。崇禎十六年（1642年）中進士，因生性耿直，不滿朝廷黑暗，不愿做官，寧愿返鄉教書，淡泊一生。

1644年，清兵入關，實行民族高壓政策，強令漢人剃發蓄辮：“留發不留頭，留頭不留發。”激起強烈反抗。1645年閏六月，嘉定各地自發組織鄉兵抗清，共推鄉賢侯峒曾、黃淳耀為領袖。侯、黃領導義軍守城廾日，殺清江南提督李成棟之弟李成林，至七月四日，終因寡不敵眾，城陷。侯峒曾不降，投葉城自盡。黃淳耀上吊自裁于西林庵，留下絕命書：“弘光元年，七月初四日，進士黃淳耀自裁于西城僧舍。嗚呼！進不能宣力皇朝，退不能潔身自隱，讀書寡益，學道無成，耿耿不昧，此心而已。異日夷氛復靖，中華士庶，在見天日，論其世者，當知予心！””死年41歲，其弟黃淵耀隨兄而去，僅22歲，門人私謚貞文。兄弟死時，口血噴壁間，入磚寸許，其跡歷久不滅云，無等法師含淚用筆在一旁寫下“留碧”兩字。黃淳耀死后，其弟子陸元輔將其遺像懸掛於書房，朝夕瞻拜，終生不輟。

黃淳耀精研經籍，造詣深粹，詩文舊然成家，間有感諷時政之作，著有《山左筆談》、《陶庵集》。清代著名學者紀曉嵐評其詩“渾然天成，絕無懦響”。黃淳耀崇拜陶淵明，故有陶庵號，文章質樸淡雅，如《李龍眠畫羅漢記》、《頑山賦》等膾炙人口的佳作，至今仍被人推崇，有的還入選學生課本。錢大昕曾贊言：“公之文章，青天白日；公之心地，寒冰顥月。”

淳耀善書，法顏真卿，亦工繪事。